Quando il preallarme e la diplomazia preventiva non sono sufficienti, o quando le emergenze sono troppo imprevedibili (come lo tsunami del 2004/2005), l’Organizzazione conduce le proprie operazioni di emergenza, principalmente attraverso organizzazioni associate, che agiscono sotto l’egida del Organizzazione.
Si tratta di un gruppo numeroso di organizzazioni professionali e civili che prestano soccorso sotto il coordinamento del Dipartimento delle Operazioni (DOP) che svolge di fatto le funzioni di collegamento tra i Partner dell’Organizzazione.
Le operazioni in Sierra Leone, Liberia, Somalia, Tanzania, Uganda sono state messe in atto con successo dal DOP fornendo nel 2007 più di 1200 tonnellate di aiuti umanitari, di vario tipo.