Cuando la Alerta Temprana y la diplomacia preventiva no son suficientes, o cuando las emergencias son demasiado impredecibles (como el Tsunami de 2004/2005), la Organización realiza sus propias operaciones de emergencia, principalmente a través de organizaciones asociadas, que actúan bajo el paraguas de la Organización.
Se trata de un grupo numeroso de organizaciones profesionales y civiles que brindan ayuda bajo la coordinación del Departamento de Operaciones (DOP), que en realidad desempeña las funciones de enlace entre los socios de la organización.
Las operaciones en Sierra Leona, Liberia, Somalia, Tanzania, Uganda han sido implementadas con éxito por el DOP entregando a partir de 2007 más de un total de 1200 toneladas métricas de ayuda humanitaria, de varios tipos.
